Det er sjeldent. Et hjerneslag relatert til en blodpropp som tetter en arterie i hjernen (trombose) kan komplisere lupus. Denne trombosen avslører vanligvis et antifosfolipidsyndrom assosiert med lupus, men også en mulig akselerert aterosklerose (utvikling av et ateromplakk som kan løsne og tette en arterie i hjernen). Forebygging av tilbakefall er basert på langvarig antikoagulasjonsbehandling med sikte på en INR (internasjonal normalisert ratio) mellom 2 og 3, eller til og med mellom 3 og 3,5 i forbindelse med antifosfolipidsyndrom.

Hvis dette hjerneslaget skyldes aterosklerose, vil det bli behandlet som et vanlig hjerneslag, med fokus på vaskulære risikofaktorer og forskrivning av antiblodplatemidler. Noen ganger er det vanskelig å se forskjell på hjerneslag som kan ramme den generelle befolkningen (komplikasjon av aterosklerose).