Med lupus anbefales vaksinasjoner oftest, men med noen forholdsregler.

Vaksinasjon bør i størst mulig grad unngås under en oppblussing av sykdommen, men er mulig hvis det er nødvendig.

Ved langvarig kortikosteroidbehandling, mer enn 10 mg prednison per dag, og spesielt ved immunsuppressiv behandling, er levende svekkede vaksiner kontraindisert på grunn av risikoen for en sterk reaksjon på vaksinen (vaksinen mot gulfeber, varicella zoster, røde hunder, meslinger og kusma). Orale polio- og BCG-vaksiner, som også er levende vaksiner, anbefales aldri i voksen alder.

Bruk av kortikosteroider, og spesielt immunsuppressiva, kan redusere effekten av vaksiner,men er ikke en kontraindikasjon mot bruk av vaksiner (unntatt når det gjelder vaksiner med levende, svekket virus).

Noen vaksiner anbefales på det sterkeste, spesielt hvis det er foreskrevet en immunsuppressiv behandling i lang tid: vaksinasjon mot COVID-19, influensavaksinasjon, pneumokokkvaksinasjon.

Siden papillomavirusinfeksjoner er vanligere hos lupuspasienter, kan unge lupusgutter og -jenter tilbys HPV-vaksine, helst før første seksuelle omgang.

Det har vært snakket mye om risikoen for forekomst eller utbrudd av lupus, eller andre autoimmune sykdommer, etter vaksinasjon med hepatitt B-vaksine. Epidemiologiske studier har ikke bekreftet at det finnes en sikker sammenheng. Hvis det av yrkesmessige årsaker, eller risiko for eksponering, er nødvendig med vaksinasjon mot hepatitt B, er det mulig. Noen ganger vil det imidlertid være behov for flere injeksjoner for å gi tilstrekkelig vaksinasjonsdekning.