Pasienter med systemiske autoimmune sykdommer stiller seg av og til spørsmålet om muligheten for å donere organene sine. Dette er et viktig spørsmål som behandles på nasjonalt nivå av biomedisinske byråer. Pasienter med systemiske autoimmune sykdommer kan som hovedregel donere organer til transplantasjon, forutsatt at det aktuelle organet ikke er påvirket av den autoimmune sykdommen i seg selv.

Når det gjelder ren kutan lupus, respekterer den de indre organene, så organdonasjon er fullt mulig. Når det gjelder systemisk lupus, avhenger alt av hvilke organer som påvirkes av sykdommen. De kutane-artikulære formene av lupus er vanligvis ikke ledsaget av hjerte-, lunge-, nyre- eller leverskader, og organdonasjon er da mulig. Ved mer alvorlige former, som for eksempel påvirker nyrene, er organdonasjon ofte ikke mulig.

For en form som påvirker nyrene, men ikke hjerte og lunger, er det imidlertid fullt mulig å donere hjerte og lunger, selv om pasienten har tatt kortikosteroider eller immunsuppressive midler.

Man må selvfølgelig også ta hensyn til sykdommer som kan være forbundet med en autoimmun sykdom, og som kan være kontraindikasjoner mot organdonasjon, for eksempel diabetes som kan påvirke hjerte og nyrer, eller lungeskader relatert til tobakk. Det samme resonnementet kan anvendes på alle systemiske autoimmune sykdommer. Posisjoneringen i forhold til organdonasjon er langsiktig, selv om den når som helst kan trekkes tilbake. Pasienter med autoimmune sykdommer er først og fremst borgere som alle andre, og deres personlige refleksjon bør derfor ikke være annerledes enn dette:

"Er jeg donor eller ikke? Når jeg har tatt valget mitt, forteller jeg mine nærmeste om det for å hjelpe dem, i tilfelle en lege en dag må stille dem dette spørsmålet om meg. "