La fecondazione in vitro è spesso accompagnata da trattamenti ormonali che possono "attivare" il lupus e giustificare un temporaneo rafforzamento del trattamento. Nel caso della terapia ormonale, bisogna essere particolarmente attenti al rischio di coaguli di sangue (trombosi) nei pazienti affetti da APS. È essenziale che questa procedura venga eseguita con uno stretto monitoraggio medico e con trattamenti particolarmente adeguati.