Circa il 20-40% dei pazienti adulti affetti da lupus e il 30-80% dei bambini sviluppa un danno renale. Questo fenomeno è più comune negli asiatici e nei pazienti di origine africana che nei caucasici.

Il risultato della biopsia renale definirà la gravità di questo coinvolgimento renale e detterà in larga misura il trattamento necessario per controllarlo. Le forme gravi di nefrite lupica (dette proliferative) giustificano un trattamento che combina corticosteroidi a dosi inizialmente elevate (prednisone: da 0,5 a 1 mg/kg die) e un trattamento immunosoppressivo (micofenolato mofetile o ciclofosfamide) in aggiunta all'idrossiclorochina, che ridurrà l'infiammazione del rene.

Questa strategia terapeutica permette quasi sempre di migliorare il danno renale da lupus, spesso addirittura di curarlo o almeno di stabilizzarlo. I benefici si vedono soprattutto a lungo termine. Per questo motivo, è importante continuare la terapia immunosoppressiva per un lungo periodo (almeno 2 anni). A volte è necessario effettuare una biopsia renale di controllo dopo alcuni mesi per verificare l'efficacia del trattamento. Se la pressione arteriosa è elevata o se persiste una proteinuria significativa anche in assenza di ipertensione, vi verrà prescritto un farmaco che riduce la pressione arteriosa e la pressione nei filtri renali, per ridurre la fuoriuscita di proteine nelle urine e proteggere il rene (si parla di "nefroprotezione").

Esiste comunque un rischio di ricaduta che richiede un monitoraggio regolare e l'uso continuativo dell'idrossiclorochina, anche se la terapia immunosoppressiva è stata interrotta.

Raramente, nonostante tutti questi trattamenti, il danno renale può continuare a peggiorare, portando gradualmente alla necessità di un trapianto di rene o della dialisi (si parla di insufficienza renale "terminale" per indicare che i reni non svolgono più le loro funzioni di depurazione).