Raramente il mal di testa è direttamente correlato all'attività della malattia. Tuttavia, i pazienti affetti da lupus lamentano spesso mal di testa. Il più delle volte si tratta di cefalee cosiddette "tensive", causate dallo stress e non direttamente correlate al lupus (a parte il fatto che lo stress può essere correlato alla presenza di una malattia cronica).

A volte si tratta di emicranie unilaterali, talvolta precedute da disturbi visivi, o di sinusiti non correlate al lupus. Raramente, il mal di testa può essere indicativo di una complicazione specificamente correlata al lupus, come un ictus o l'ipertensione arteriosa. In questi casi, il mal di testa resiste (o è resistente) ai consueti trattamenti per il dolore, persiste per diversi giorni ed è spesso accompagnato da altri sintomi. È necessario consultare rapidamente il medico che, dopo un esame clinico approfondito, valuterà la necessità di effettuare ulteriori esami neurologici (TAC o RMN cerebrale).