Nella maggior parte dei casi, i disturbi digestivi non sono correlati al lupus. L'apparato digerente è raramente interessato da questa malattia. I disturbi digestivi sono più spesso correlati ai farmaci, come l'assunzione di antinfiammatori, antimalarici sintetici o immunosoppressori. Possono verificarsi bruciori di stomaco, nausea, dolori addominali, cattiva digestione o addirittura diarrea. Alcuni sintomi sono temporanei, soprattutto quelli legati all'assunzione di antimalarici sintetici, che scompaiono spontaneamente dopo qualche settimana di trattamento. In altri casi, il bruciore di stomaco può giustificare una gastroscopia, per verificare l'assenza di infiammazione o di ulcera della mucosa. Anche lo stress, l'ansia, il tabacco e l'alcol sono cause comuni di disturbi digestivi. Più eccezionalmente, può verificarsi un coinvolgimento vascolare da infiammazione o trombosi dei vasi digestivi. I pazienti descrivono "crampi" nell'addome durante la digestione. Può anche trattarsi di colonopatia funzionale ("intestino irritabile"), come si osserva nella popolazione generale.