È raro. Un ictus legato a un coagulo che ostruisce un'arteria del cervello (trombosi) può complicare il lupus. Questa trombosi di solito rivela una sindrome da anticorpi antifosfolipidi associata al lupus, ma anche una possibile aterosclerosi accelerata (sviluppo di una placca ateromasica che può staccarsi e ostruire un'arteria del cervello). La prevenzione delle recidive si basa su un trattamento anticoagulante prolungato che punta a un INR (rapporto internazionale normalizzato) compreso tra 2 e 3, o addirittura tra 3 e 3,5 nel contesto della sindrome da anticorpi antifosfolipidi.

Se l'ictus è dovuto all'aterosclerosi, sarà gestito come un ictus normale, con un intervento sui fattori di rischio vascolare e la prescrizione di agenti antiaggreganti. A volte è difficile distinguere l'ictus che può colpire la popolazione generale (complicanza dell'aterosclerosi).