Kyllä, useat autoimmuunisairaudet voivat liittyä systeemiseen lupukseen. Yhteinen geneettinen alttius on todennäköisesti näiden yhteyksien syynä.

Sjögrenin oireyhtymä ilmenee pääasiassa suun ja/tai silmien kuivuutena. Se voi kuitenkin liittyä lupukseen noin 20 % tapauksista, jolloin se on usein lievempi ja vähemmän invalidisoiva kuin itsenäinen Sjögrenin oireyhtymä (jota kutsutaan myös primääriseksi). Samoin fosfolipidivasta-aineiden esiintyminen on yleinen lupuksen merkki. Kun nämä vasta-aineet aiheuttavat verihyytymien muodostumista (tromboosia), puhutaan fosfolipidivasta-aineoireyhtymästä, mutta se on taudin erityinen kliininen ilmentymä. Raynaud'n ilmiö on yksi systeemisen lupuksen yhteydessä usein havaituista oireista.

Harvemmin systeeminen lupus voi liittyä johonkin toiseen autoimmuunisairauteen, jolla on kliinisiä oireita, kuten nivelreumaan, sklerodermaan tai tulehdukselliseen myopatiaan. Oirekirjossa on tällöin päällekkäisyyttä muihin sidekudossairauksiin (systeeminen lupus + toinen sidekudossairaus).