Noin 20-40 % aikuisista lupuspotilaista ja 30-80 % lapsista saa munuaisvaurion. Tämä on yleisempää aasialaisilla ja afrikkalaista syntyperää olevilla potilailla kuin valkoihoisilla.

Munuaisbiopsian tulos määrittää munuaisvaurion vakavuuden ja sen perusteella valitaan tarvittava hoito. Lupusnefriitin vaikeita muotoja (joita kutsutaan proliferatiivisiksi) hoidetaan siten, että yhdistetään kortikosteroidit aluksi suurina annoksina (prednisoni: 0,5-1 mg/kg/vrk) ja immunosuppressiivinen hoito (mykofenolaattimofetiili tai syklofosfamidi) sekä lisäksi hydroksiklorokiini, joka vähentää munuaistulehdusta.

Tämän hoitostrategian avulla on lähes aina mahdollista hoitaa lupuksen munuaistulehdusta, usein jopa parantaa ne tai ainakin vakauttaa tilanne. Hyöty näkyy useimmiten pitkällä aikavälillä. Tästä syystä on tärkeää jatkaa immunosuppressiivista hoitoa pitkään (vähintään 2 vuotta). Joskus on tarpeen tehdä muutaman kuukauden kuluttua kontrollibiopsia munuaisesta hoidon tehokkuuden tarkistamiseksi. Jos sinulla on korkea verenpaine tai jos merkittävä proteinuria jatkuu ilman verenpainetautiakin, sinulle määrätään lääkitystä, joka alentaa verenpainetta ja painetta munuaissuodattimissa, vähentää proteiinin vuotamista virtsaan ja suojelee munuaista (tätä kutsutaan "nefroprotektioksi").

Uusiutumisriski on edelleen olemassa, mikä edellyttää säännöllistä seurantaa ja hydroksiklorokiinin käytön jatkamista, vaikka immunosuppressiivinen hoito olisi lopetettu.

Joskus käy niin, että kaikista näistä hoidoista huolimatta munuaisten tilanne pahentuu ja johtaa vähitellen munuaisensiirtoon tai dialyysin tarpeeseen (tätä kutsutaan loppuvaiheen munuaisten vajaatoiminnaksi, kun munuaiset eivät enää suoriudu puhdistustehtävistään lainkaan).