Eine Autoimmunerkrankung ist die Folge einer Überaktivität des Immunsystems, das über seine Aufgabe der Verteidigung gegen äußere Einflüsse hinausgeht und körpereigene Zellen angreift. Weiße Blutkörperchen, so genannte Lymphozyten, werden durch äußere Einflüsse, die das Immunsystem von Patienten mit genetischer Veranlagung stören, "abnormal" aktiviert. Diese aktivierten Lymphozyten "greifen" dann das Gewebe an, indem sie entweder direkt wie T-Lymphozyten oder über Autoantikörper, die von den B-Lymphozyten produziert werden, wirken.

Dieser Angriff auf Gewebe führt zu einer Entzündungsreaktion, an der andere Immunzellen (polymorphkernige und Makrophagen) beteiligt sind, die die Läsionen verstärken.

Autoimmunkrankheiten sind weit verbreitet und betreffen in westlichen Ländern wie Frankreich insgesamt 3-5 % der Bevölkerung.

Schematisch gesehen gibt es zwei Haupttypen von Autoimmunkrankheiten:

• - Systemische Autoimmunerkrankungen, d. h. Krankheiten, die mehrere Organe befallen können, wie rheumatoide Arthritis, systemischer Lupus erythematodes, systemische Sklerose (Sklerodermie), Sjögren-Syndrom und bestimmte Vaskulitiden. Während die rheumatoide Arthritis weit verbreitet ist (etwa 3 Millionen Patienten in Europa), sind andere Erkrankungen seltener, wie z. B. der Lupus, von dem in Europa etwa 300 000 bis 400 000 Patienten betroffen sind.

• - Autoimmunerkrankungen von Organen (d. h. lokalisiert auf ein einzelnes Organ) wie Typ-1-Diabetes (Beteiligung der Bauchspeicheldrüse), Autoimmunthyreopathien(Schilddrüsen beteiligung), Multiple Sklerose (Schädigung von Gehirn und Rückenmark), autoimmune Lebererkrankungen) oder Hautschäden (bullöses Pemphigoid). Unter diesen Erkrankungen sind einige häufig, wie Typ-1-Diabetes oder Schilddrüsenentzündung,, und andere sehr viel seltener, wie z. B. Lebererkrankungen. Diese Erkrankungen können isoliert oder in Kombination auftreten, wie z. B. die primäre biliäre Zirrhose mit systemischer Sklerodermie (Reynolds-Syndrom).