JA, mehrere Autoimmunkrankheiten können mit Lupus in Verbindung gebracht werden. Diese Assoziationen sind wahrscheinlich auf eine gemeinsame genetische Konstellationzurückzuführen. Das Sjögren-Syndrom (eine Autoimmunerkrankung, die sich hauptsächlich durch Mund- und/oder Augentrockenheit äußert) kann in etwa 20 % der Fälle mit Lupus in Verbindung gebracht werden.

Auch das Antiphospholipid-Antikörper-Syndrom, das durch die Bildung von Blutgerinnseln (Thrombosen) in den Arterien oder Venen und bestimmte Antikörper gekennzeichnet ist, wird häufig mit Lupus in Verbindung gebracht.

Wenn andere systemische Autoimmunerkrankungen, wie entzündliche Myopathien oder Sklerodermie, gemeinsam mit Lupus auftreten, so wird dies auch als Mischkollagenose bezeichnet.

Schließlich kann Lupus auch mit "lokalisierten" Autoimmunkrankheiten wie Schilddrüsenentzündung oder Myasthenia gravis einhergehen.