Ja, flere autoimmune sygdomme kan være associeret med systemisk lupus. Et fælles genetisk terræn er sandsynligvis årsagen til disse associationer.
Ikke desto mindre er Sjögrens syndrom, som hovedsageligt kommer til udtryk ved mundtørhed og/eller tørre øjne, i ca. 20 % af tilfældene associeret med lupus, men det er ofte mindre alvorligt og mindre invaliderende end isoleret Sjögrens syndrom (også kaldet primær). På samme måde er tilstedeværelsen af antifosfolipidantistoffer et almindeligt tegn ved selve lupus. Når disse antistoffer forårsager dannelse af blodpropper (trombose), kaldes det for antifosfolipidsyndrom, men det er et specifikt klinisk udtryk for sygdommen. Hvad angår Raynauds fænomen, er det et af de tegn, der hyppigt observeres ved systemisk lupus.
Mere sjældent kan systemisk lupus være associeret med en anden autoimmun sygdom med klinisk udtryk som f.eks. leddegigt, sklerodermi eller inflammatorisk myopati. Dette kaldes overlap syndrom (systemisk lupus + en anden bindevævssygdom).
Systemisk lupus kan være associeret med andre autoimmune sygdomme, men lupus er normalt den vigtigste diagnose. Hvis der er et associeret Sjögrens syndrom, behandles tørre øjne og mundtørhed blot. Hvis der er antifosfolipidantistoffer, der forårsager trombose, gives der antikoagulantia. Hvis der er tale om skjoldbruskkirtelbetændelse med hypothyroidisme, gives patienten ganske enkelt skjoldbruskkirtelhormoner.