JA, flere autoimmune sygdomme kan være associeret med lupus. Der er sandsynligvis et fælles genetisk terræn, der ligger til grund for disse associationer. Sjögrens syndrom (en autoimmun sygdom, der hovedsagelig kommer til udtryk ved tør mund og/eller øjne) kan være associeret med lupus i ca. 20 % af tilfældene.

Antifosfolipidantistofsyndromet, som er kendetegnet ved dannelse af blodpropper (trombose) i arterier eller vener og bestemte antistoffer, er også ofte associeret med lupus.

Andre systemiske autoimmune sygdomme, såsom inflammatoriske myopatier eller sklerodermi, kan være associeret med lupus: dette kaldes mixed connective tissue disease (MCTD).

Endelig kan lupus være associeret med "lokaliserede" autoimmune sygdomme, herunder skjoldbruskkirtelbetændelse eller myasthenia gravis.