Bez léčby lupus postupuje ve fázích vzplanutí, které se střídají s fázemi relativního klidu. Bohužel tento "přirozený" průběh bez řádné léčby může vést nejen k nevratnému poškození orgánů postižených nemocí, zejména ledvin (selhání ledvin) a mozku, ale může ohrozit i život pacienta.

Při léčbě se lupus obvykle vyvíjí směrem k "remisi": vymizení klinických příznaků a zlepšení některých biologických znaků, jako je hladina anti-DNA protilátek. Antinukleární protilátky však často zůstávají přítomny, i když je lupus zcela pod kontrolou. Cílem je udržet "remisi" pomocí minimální dávky léčby (minimální účinná léčba).

To obvykle znamená léčbu syntetickými antimalariky (jako je hydroxychlorochin, , chlorochin), která se má užívat několik let po dosažení remise.

Dlouhodobě se předepisuje kortizon a někdy také imunosupresiva.

Pokud je léčba dobře dodržována, bez předčasných přerušení, je riziko vzplanutí nižší a je vzácnější. Včasná a dostatečně intenzivní léčba vzplanutí umožňuje výrazně omezit následky a vyhnout se fatálnímu vyústění, které je dnes již velmi vzácné.