Je to možné, ale relativně vzácné. Mrtvice související s ucpáním mozkové tepny sraženinou (trombóza) může lupus komplikovat. Tato trombóza obvykle odhalí antifosfolipidový syndrom spojený s lupusem, ale také možnou akceleraci aterosklerózy (rozvoj ateromového plátu, který se může odloučit a ucpat tepnu v mozku). Prevence recidivy je založena na dlouhodobé antiagregační (protidestičkové léčbě, např. aspirinem) nebo v potřebných případech antikoagulační léčbě cílené k dosažení INR (mezinárodní normalizovaný poměr) mezi 2 a 3, nebo dokonce mezi 3 a 3,5 v souvislosti s antifosfolipidovým syndromem.

Pokud je tato cévní mozková příhoda způsobena aterosklerózou, bude řešena jako běžná cévní mozková příhoda, tedy se zaměřením na cévní rizikové faktory a předepsáním antiagregačních látek. Někdy je obtížné rozlišit rozdíl s cévní mozkovou příhodou, která může postihnout běžnou populaci (komplikace aterosklerózy).