Autoimunitní onemocnění je důsledkem hyperaktivity imunitního systému, který překračuje svou obrannou úlohu proti vnějším činitelům a napadá vlastní buňky. Bílé krvinky zvané lymfocyty jsou "abnormálně" aktivovány vnějšími prvky, které narušují imunitní systém pacientů, kteří k tomu mají genetické předpoklady. Tyto aktivované lymfocyty pak "útočí" na tkáně tím, že působí buď přímo jako T lymfocyty, nebo prostřednictvím autoprotilátek produkovaných B lymfocyty.

Tato tkáňová agrese vyvolá zánětlivou reakci, do níž se zapojí další buňky imunity (polymorfonukleární a makrofágy), které léze zesílí.

Autoimunitní onemocnění jsou běžná a v zemích, jako je Francie, postihují celkem 3-5 % populace.

Z hlediska schématu existují dva hlavní typy autoimunitních onemocnění:

• - Systémová autoimunitní onemocnění, tj. onemocnění, která mohou postihovat více orgánů, jako je revmatoidní artritida, systémový lupus erythematodes, systémová skleróza (sklerodermie), Sjögrenův syndrom a některé vaskulitidy. Zatímco revmatoidní artritida je běžná (v Evropě asi 3 miliony pacientů), jiná onemocnění jsou vzácnější, například lupus, který v Evropě postihuje asi 300 000 až 400 000 pacientů.

• - Autoimunitní onemocnění orgánů (tj. lokalizované na jeden orgán), jako je diabetes I. typu (postižení slinivky břišní), tyreoiditida (postižení štítné žlázy), roztroušená skleróza (poškození mozku a míchy), některá poškození jater (jaterní onemocnění) nebo poškození kůže (bulózní pemfigoid). Mezi těmito stavy jsou některé běžné, jako například cukrovka 1. typu nebo zánět štítné žlázy, a jiné mnohem vzácnější, například onemocnění jater. Tato onemocnění mohou existovat samostatně nebo v kombinaci, jako je primární biliární cirhóza se systémovou sklerodermií (Reynoldsův syndrom).