ANO, s lupusem může být spojeno několik autoimunitních onemocnění. Na počátku těchto asociací je pravděpodobně společný genetický terén. Sjögrenův syndrom (autoimunitní onemocnění projevující se především suchostí v ústech a/nebo v očích) může být spojen s lupusem, a to přibližně ve 20 % případů.

S lupusem je často spojen i syndrom antifosfolipidových protilátek, který se vyznačuje tvorbou krevních sraženin (trombózou) v tepnách nebo žilách a určitými protilátkami.

S lupusem mohou být spojena i jiná systémová autoimunitní onemocnění, jako jsou zánětlivé myopatie nebo sklerodermie: jedná se o tzv. smíšené onemocnění pojivové tkáně.

V neposlední řadě může být lupus spojen s "lokalizovanými" autoimunitními onemocněními, včetně tyreoiditidy nebo myastenie gravis.