Ano, se systémovým lupusem může být spojeno několik autoimunitních onemocnění. Příčinou těchto asociací je pravděpodobně společný genetický terén.

Nicméně pokud může být Sjögrenův syndrom, který se projevuje především suchostí v ústech a/nebo v očích, spojen s lupusem asi ve 20 % případů, je často méně závažný a méně invalidizující než izolovaný Sjögrenův syndrom (nazývaný také primitivní). Podobně je častým příznakem samotného lupusu přítomnost antifosfolipidových protilátek. Pokud tyto protilátky způsobují tvorbu krevních sraženin (trombózu), označuje se to jako antifosfolipidový syndrom, který je však specifickým klinickým projevem onemocnění. Pokud jde o Raynaudův fenomén, je to jeden z příznaků často pozorovaných při systémovém lupusu.

Vzácněji může být systémový lupus spojen s jiným autoimunitním onemocněním s klinickými projevy, jako je revmatoidní artritida, sklerodermie nebo zánětlivá myopatie. Tomu se říká překryvný syndrom (systémový lupus + jiné onemocnění pojivové tkáně).