При відсутності адекватного лікування вовчак прогресує із кожним новим загострення, яке чергуються із фазами відносної ремісії. На жаль, такий "природний" перебіг без належного лікування може призводити не тільки до незворотного ураження органів, наприклад нирок (ниркова недостатність) та головного мозку, але й може поставити під загрозу життя пацієнта.

Як правило адекватно призначене лікування СЧВ сприяє досягненню "ремісії": зникнення клінічних ознак і нормалізації лабораторних параметрів, таких як рівень анти-ДНК-антитіл. Однак антинуклеарні антитіла можуть виявлятися в організмі, навіть при повному контролі перебігу захворювання. Метою лікування є підтримання стабільної "ремісії" за допомогою мінімальних доз медикаментів (мінімально ефективне лікування).

В переважній більшості випадків цього вдається досягти прийомом синтетичних протималярійних препаратів (таких як гідроксихлорохін, хлорохін), які необхідно приймати протягом декількох років після досягнення ремісії.

Кортизон та імунодепресанти також,як правило призначаються на тривалий період.

Ризик виникнення загострення низький, і рецидиви трапляються значно рідше, якщо лікування не переривається і добре переноситься. Раннє і інтенсивне лікування загострень дозволяє значно обмежити негативні наслідки і уникнути летальних випадків, які на сьогоднішній день трапляються вкрай рідко.