Насправді така ситуація трапляється не часто. . Причиною виникнення інсульту є згусток крові, який закупорює артерію в головному мозку (тромбоз) та може ускладнювати перебіг вовчака. Як правило, тромбоз зустрічається у пацієнтів із антифосфоліпідним синдромом, асоційованим з вовчаком, однак, також може бути спричинений прогресуючим атеросклерозом (розвитком атероматозної бляшки, яка може відшаруватися і закупорювати артерію в мозку). Профілактика рецидивів тромбозів полягає у тривалому лікуванні антикоагулянтами, які призначаються під контролем МНВ (міжнародне нормалізоване відношення) у межах від 2 до 3, або між 3 і 3,5 у випадку наявності антифосфоліпідного синдрому.

Якщо причиною інсульту був атеросклероз, то лікування як і при звичайному інсульті, спрямоване на судинні фактори ризику та призначення антиагрегантних засобів. Іноді важко відрізнити інсульт при вовчаку, від інсульту який спостерігається у загальній популяції (як ускладнення атеросклерозу).