Головний біль рідко безпосередньо пов'язаний з активним захворювання. Однак, пацієнти з вовчаком часто скаржаться на головний біль. Найчастіше це так звані головні болі "напруги", викликані стресом і не пов'язані безпосередньо з захворюванням (за винятком тієї ситуації, коли стрес сам по собі пов'язаний із хронічним захворюванням).

Інколи можуть спостергіатись односторонні мігренеподібні головні болі, які передують появі порушення зору, або синуситу, не пов'язаного із вовчаком. Головні болі можуть свідчити про розвиток ускладнень, характерних для вовчака, таких як інсульт або підвищений артеріальний тиск. У цих випадках головні болі не піддаються (є резистентними) звичайним методам лікування, вони зберігаються протягом декількох днів і часто супроводжуються іншими симптомами. Необхідно швидко звернутися до лікаря, який після детального клінічного огляду оцінить необхідність проведення додаткових неврологічних обстежень (КТ або МРТ головного мозку).