У більшості випадків розлади травлення не пов'язані з вовчаком. Насправді, шлунково-кишковий тракт рідко уражається під час цього захворювання. Розлади травлення найчастіше пов'язані з прийомом ліків, наприклад, протизапальних засобів, синтетичних протималярійних препаратів або імунодепресантів. Можуть виникати печія, нудота, біль у животі, порушення травлення або навіть діарея. Деякі симптоми є тимчасовими, особливо ті, що пов'язані з прийомом синтетичних протималярійних препаратів, і зникають спонтанно через кілька тижнів лікування. В інших випадках печія може бути підставою для проведення фіброгастродуоденоскопії, для того, щоб переконатися у відсутності запалення або виразки слизової оболонки. Стрес, занепокоєння, тютюнопаління і алкоголь також є поширеними причинами розладів травлення. У більш рідкісних випадках може виникати судинне ураження внаслідок запалення або тромбозу судин травного тракту. Тоді пацієнти скаржаться на "спазми" в животі під час травлення. Можуть спостерігатись і функціональні розлади кишківника ("синдром подразненого кишківника"), що також часто зустрічається і у загальній популяції.