Tüp bebek tedavisinde kullanılan ilaçlar lupus hastalığını alevlendirebilir ve daha ağır ilaçlar verilmesi gerekebilir. Hormon tedavisi söz konusu olduğunda, antifosfolipid antikor sendromu olan hastalarda kan pıhtılaşması (flebit) riski konusunda özellikle dikkatli olunmalıdır. Bu yönden hastalar yakın takip edilmelidir.