Lupusun neden olduğu ağrının çeşitli nedenleri vardır. Lupusta sıklıkla eklem ağrısı (artralji veya artrit) ve kas ağrısı (miyalji veya miyozit) görülür. Bu eklem ve kas rahatsızlıkları iltihaplıdır ve vakaların çoğunda iltihap giderici ve hatta tedavilerle çok iyi giderilir. Nefes almakla artan göğüs ağrıları da mümkündür: bunlar sırasıyla kalbi saran perikard ve akciğerleri saran plevra tabakasının iltihabından kaynaklanır; bu ağrılar uygun tedavi altında azalır.

Ağrı yaygın ve sıkıntı verici olabilir, enflamasyonla ilgisi olmayabilir ve lupusla ilişkili iltihapsız kas romatizması (fibromiyalji) düşüncesine yol açabilir.

Bazen hastalar "her yerim ağrıyor" izlenimi veren daha yaygın ağrılardan şikayet ederler. Bu ağrılar genellikle büyük yorgunluk ve günlük işlerle başa çıkmada zorluklarla, bazen de konsantrasyon ve ezberleme bozuklukları gibi diğer şikayetlerle ilişkilidir.

Bu tür bir belirtiyle karşılaştığımızda, öncelikle lupusla ilişkili bir iltihap olmadığından emin olmalıyız. Herhangi bir anomalinin olmaması durumunda, ağrının beyin tarafından kontrolünde bir "bozulma" olduğunu düşünmek gerekir. Bu bozukluk genellikle "fibromiyalji" olarak adlandırılır. Lupus ile ilişkili fibromiyalji, herhangi bir organın hasar görmesi veya tahrip olması gibi özel bir risk oluşturmaz, ancak hastanın gerçekten hissettiği ağrılar, uzun süreli olmaları ve ağrı kesici ilaçların sınırlı etkinliği nedeniyle özellikle üzücüdür. Bu tür ağrılar için kortizon ya da bağışıklık sistemini baskılayan ilaçların etkisiz olacağından emin olunması ve tedavinin artırılmaması önemlidir. Bununla birlikte, depresyon veya epilepsi için reçete edilen ilaçların kullanımı yararlı bir ağrı giderici etkiye sahip olabilir. Fiziksel bakımın yanı sıra bir psikolog ve psikiyatristin yardımı da bazen faydalı olabilir.

Bazen yaygın ağrılar, kortizonun çok ani kesilmesine bağlı olabilir. Çünkü vücut bir süre kortizon aldığında, normalde kortizon üreten böbreküstü bezleri (adrenal bezler) geçici olarak dinlenmeye geçer. Bu nedenle kortizonun aniden kesilmesi (kesinlikle kaçınılmalıdır), vücudun kendi kortizonunu yeterince hızlı üretememesi nedeniyle ağrılara (özellikle kas ağrılarına, bazen karın ağrısına) ve şiddetli yorgunluğa yol açabilir. Bu durumu doktorunuz kısa sürede tanır ve uygun dozda kortizonun yeniden başlanmasını acilen önerebilir.

Hafif bir mide-bağırsak enfeksiyonu (gastroenterit) sırasında ağızdan alınan kortizon tutulamıyorsa, kortizonun mutlaka bir-iki gün süreyle enjeksiyon şeklinde verilmesi gerekir. Aynı durum, aç kalmayı gerektiren ameliyatlar için de geçerlidir.