Çoğu vakada sindirim bozukluklarının lupus ile ilgisi yoktur. Sindirim sistemi bu hastalık sırasında nadiren etkilenir. Sindirim bozuklukları çoğunlukla iltihap giderici ilaçlar, hidroksiklorokin (plaquenil ya da quensyl) veya bağışıklık baskılayıcı gibi ilaçlarla ilgilidir. Mide ekşimesi/yanması, bulantı, karın ağrısı, hazımsızlık ve hatta ishal olabilir. Bazı semptomlar, özellikle sentetik antimalaryaller (plaquenil yada klorokin) ile ilgili olanlar, geçicidir ve birkaç haftalık tedaviden sonra kendiliğinden kaybolur. Diğer durumlarda mide yanması, mide duvarında iltihap veya ülser olmadığından emin olmak için endoskopi yapılmasını gerektirebilir. Stres, kaygı, tütün ve alkol de sindirim bozukluklarının yaygın nedenlerindendir. Daha istisnai olarak, sindirim damarlarının iltihaplanması veya pıhtılaşması ile damar tutulumu meydana gelebilir. Hastalar daha sonra sindirim sırasında karında "kramplar" tarif ederler. Genel popülasyonda görülebileceği gibi fonksiyonel barsak bozuklukları ("irritabl bağırsak") de olabilir.