Hastalık atak yaptığında genelde baş ağrısı beklenmez. Bununla birlikte, lupus hastaları sıklıkla baş ağrılarından şikayet ederler. Çoğu zaman, bunlar stresin neden olduğu ve doğrudan lupusla ilgili olmayan "gerilim" baş ağrılarıdır (tabi kronik bir hastalığa sahip olma fikri stress oluşturur).

Bunlar bazen tek taraflı olan migrenlerdir ve bazen öncesinde görme bozuklukları veya lupusla ilgisi olmayan sinüzit görülür. Nadiren baş ağrıları, inme veya yüksek tansiyon gibi özellikle lupusla ilgili bir komplikasyonun göstergesi olabilir. Bu durumlarda baş ağrıları, ağrı kesicilere genellikle yanıt vermez; birkaç gün boyunca devam eder ve çoğu zaman başka belirtilerle birlikte görülür. Detaylı bir klinik muayeneden sonra ek nörolojik incelemeler (tomografi veya beyin MRI) yapılması gerekip gerekmediğini değerlendirecek olan doktorunuza hızlı bir şekilde danışmanız gerekir.