Rizici su povezani sa količinom prednizona nakupljenog u telu i prirodom proizvoda koji se koristi. Pored toga, zavisno od pojedinca, može postojati veća ili manja tolerancija. Neki ljudi dobro podnose visoke doze, dok drugi mogu imati neželjene efekte, čak i pri malim dozama. Postoje načini da se spreči, ili barem smanji, intenzitet tih neprijatnosti, koje se nazivaju nuspojave ili neželjeni efekti. Glavne nuspojave su: Oticanje lica, povećanje telesne mase, posebno na početku lečenja i kod visokih doza: :

preporučuje se izbegavanje dodavanja soli, ograničavanje unosa šećera (i brzi i spori šećeri koji se nalaze u škrobnoj hrani: testenina, hleb, pirinač, krompir, griz...), ne jesti između obroka i ne povećavati količinu hrane. Ovo se, uz dobru higijenu ishrane, obično povlači kako se doze prednizona smanjuju.

Visok krvni pritisak:preporučuje se redovno praćenje krvnog pritiska, posebno u slučaju oštećenja bubrega.

Povećan rizik od infekcija:preporučuje se redovno ažuriranje vakcinacija i izbegavanje kontakta sa obolelim osobama tokom akutnih perioda infekcija.

U pacijenata sa tropskih područja ili onih koji su proveli duže vreme u tim regionima, započinjanje lečenja prednizonom može "probuditi" parazite prisutne u telu, kao što je na primer strongiloidoza Ovaj problem može se sprečiti uzimanjem antiparazitskog tretmana pre početka lečenja prednizonom.

Rizik od dijabetesa:redovno praćenje nivoa šećera u krvi, posebno na početku lečenja.

Dugoročni rizik od fragilnosti kostiju (osteoporoza): preporučuje se redovno uzimanje kalcijuma, vitamina D i ponekad lekova koji podstiču rekonstrukciju kostiju, kao što su bisfosfonati (posebno nakon menopauze), kao i redovno vežbanje.

Vaskularna kožna fragilnost sa mogućnošću nastanka "modrica" pri udarcima i strija.

Avascularna osteonekroza, tj. smanjenje cirkulacije krvi u dugim kostima, što može biti izazvano samim lupusom, antifosfolipidnim antitelima i/ili kortikosteroidima.

Atrofija određenih mišića: preporučuje se redovno vežbanje snage i sport.

Povećan kardiovaskularni rizik i ateroskleroza, posebno kod visokih/srednjih doza kortikosteroida (iznad 5-7,5 mg/kg).

Rizik od katarakte: rizik od katarakte i glaukoma (povećan pritisak u oku): preporučuje se godišnji oftalmološki pregled, uključujući merenje intraokularnog pritiska. Ovi rizici su veći kada se prednizon koristi vrlo dugo.

Suprotno popularnom mišljenju, kortikosteroidi nemaju štetan efekat na stomak (za razliku od nesteroidnih antiinflamatornih lekova i aspirina u visokim dozama). Međutim, može se dodati zaštita za želudac kada se kortikosteroidi koriste u kombinaciji sa malim dozama aspirina. Na nivou žuči, kortikosteroidi mogu podstaći superinfekciju divertikularnog sigmoiditisa. Na kraju, treba napomenuti da naglo prekidanje lečenja kortikosteroidima nosi rizik od insuficijencije nadbubrežnih žlezda, naročito ako se tretman sprovodio duži vremenski period.