Patiënten met systemische auto-immuunziekten vragen zich soms af of het mogelijk is hun organen te doneren. Dit is een belangrijke kwestie die op nationaal niveau door de agentschappen voor geneeskunde wordt behandeld. Patiënten met systemische auto-immuunziekten kunnen in het algemeen hun organen doneren voor transplantatie, mits het orgaan in kwestie niet door de auto-immuunziekte zelf is aangetast.

Bij zuivere cutane lupus worden de inwendige organen niet aangedaan, zodat orgaandonatie perfect mogelijk is. Bij systemische lupus hangt alles af van de organen die door de ziekte zijn aangetast. De vormen van lupus met betrokkenheid van huid en gewrichten gaan meestal niet gepaard met hart-, long-, nier- of leverschade en orgaandonatie is dan mogelijk. Bij ernstigere vormen waarbij bijvoorbeeld de nieren worden aangetast, is orgaandonatie vaak niet mogelijk.

Voor een vorm die wel de nieren, maar niet het hart en de longen aantast, is donatie van het hart en de longen echter goed mogelijk, zelfs als de patiënt corticosteroïden of immunosuppressiva heeft gebruikt.

Uiteraard moet ook rekening worden gehouden met ziekten die met een auto-immuunziekte gepaard kunnen gaan en die een contra-indicatie voor orgaandonatie kunnen vormen, zoals diabetes die het hart en de nieren kan aantasten, of longschade als gevolg van roken bijvoorbeeld. Dezelfde redenering kan worden toegepast op alle systemische auto-immuunziekten. De positie ten opzichte van orgaandonatie is van lange duur, ook al kan deze op elk moment worden herroepen. Patiënten met auto-immuunziekten zijn in de eerste plaats burgers als ieder ander en daarom mag hun persoonlijke reflectie daar niet van afwijken:

"Ben ik een donor of niet? Zodra ik mijn keuze heb gemaakt, vertel ik mijn dierbaren erover om hen te helpen, voor het geval een arts hen op een dag deze vraag over mij moet stellen. "