Zonder behandeling kenmerkt het beloop van lupus zich door opvlammingen, afgewisseld met fasen van relatief rustige ziekte. Helaas kan dit "natuurlijke" beloop, zonder de juiste behandeling, niet alleen leiden tot onomkeerbare schade aan de organen die door de ziekte zijn aangetast, met name de nieren (nierfalen) en de hersenen, maar ook het leven van de patiënt bedreigen.

Onder behandeling leidt het beloop van lupus gewoonlijk tot "remissie": verdwijnen van de klinische symptomen en verbetering van bepaalde biologische kenmerken, zoals het niveau van de anti-DNA-antilichamen. Antinucleaire antilichamen blijven echter vaak aanwezig, zelfs wanneer de lupus volledig onder controle is. Het doel is "remissie" te handhaven met de laagst mogelijke doseringen medicijnen (minimaal effectieve behandeling).

Dit betekent meestal een behandeling met synthetische antimalariamiddelen (zoals hydroxychloroquine, chloroquine) die na het bereiken van remissie nog meerdere jaren moet worden voortgezet.

Corticosteroïden en soms immunosuppressiva worden ook langdurig voorgeschreven.

Als de behandeling goed wordt gevolgd, zonder voortijdige onderbrekingen, is het risico op opvlammingen kleiner en zijn ze zeldzamer. Een vroege en voldoende intensieve behandeling van opvlammingen maakt het mogelijk de gevolgen aanzienlijk te beperken en een fatale afloop te voorkomen, die tegenwoordig zeer zeldzaam is geworden.