In de meeste gevallen staan spijsverteringsstoornissen los van lupus. Het spijsverteringskanaal wordt bij deze ziekte zelden aangetast. Spijsverteringsstoornissen houden meestal verband met medicijnen, zoals het gebruik van ontstekingsremmers, synthetische antimalariamiddelen of immunosuppressiva. Er kan sprake zijn van brandend maagzuur, misselijkheid, buikpijn, een slechte spijsvertering of zelfs diarree. Sommige symptomen zijn tijdelijk, vooral die welke verband houden met het gebruik van synthetische antimalariamiddelen, die spontaan verdwijnen na een paar weken behandeling. In andere gevallen kan brandend maagzuur een gastroduodenale endoscopie (kijkonderzoek in de maag) rechtvaardigen, om er zeker van te zijn dat er geen ontsteking of zweer van het slijmvlies is. Stress, angst, roken en alcoholgebruik zijn ook veel voorkomende oorzaken van spijsverteringsstoornissen. Meer uitzonderlijk kunnen bloedvatproblemen door ontsteking of trombose van de bloedvaten van het spijsverteringskanaal optreden. Patiënten beschrijven dan "krampen" in de buik tijdens de spijsvertering. Het kan ook gaan om een functionele darmaandoening ("prikkelbare darm"), zoals die ook in de algemene bevolking kan voorkomen.