Het is zeldzaam. Een beroerte door een bloedstolsel dat een slagader in de hersenen verstopt (trombose) kan lupus compliceren. Deze trombose wijst meestal op een met lupus geassocieerd antifosfolipidensyndroom, maar ook op mogelijke versnelde atherosclerose (ontwikkeling van slagaderverkalking die kan loslaten en een slagader in de hersenen kan verstoppen). De preventie van recidieven is gebaseerd op een langdurige behandeling met bloedverdunners gericht op een INR (international normalized ratio) tussen 2 en 3, of zelfs tussen 3 en 3,5 in de context van het antifosfolipidensyndroom.

Als deze beroerte te wijten is aan atherosclerose, zal deze behandeld worden als een gewone beroerte, met aandacht voor vasculaire risicofactoren en het voorschrijven van bloedverdunners. Het is soms moeilijk het verschil te zien met de beroerte die de algemene bevolking ook kan treffen (complicatie van atherosclerose).