JA, verschillende auto-immuunziekten kunnen in verband worden gebracht met lupus. Een gemeenschappelijke genetische achtergrond ligt waarschijnlijk ten grondslag aan deze associaties. Het Sjögren-syndroom (een auto-immuunziekte die vooral gekenmerkt wordt door een droge mond en/of droge ogen) kan in ongeveer 20% van de gevallen met lupus in verband worden gebracht.

Het antifosfolipidensyndroom, dat wordt gekenmerkt door de vorming van bloedstolsels (trombose) in de slagaders of aders, en bepaalde antilichamen, is ook vaak geassocieerd met lupus.

Andere systemische auto-immuunziekten, zoals inflammatoire myopathieën (ontstekingsziekten van de spieren) of sclerodermie, kunnen samen voorkomen met lupus: dit wordt een gemengde bindweefselaandoening genoemd.

Ten slotte kan lupus samen voorkomen met "gelokaliseerde" auto-immuunziekten, waaronder thyroïditis of myasthenia gravis.