Dėl labai didelio vilkligės heterogeniškumo, norint ją diagnozuoti, dažnai reikia nemažai patirties. Ji diagnozuojama atsižvelgiant į visus klinikinius, biocheminius ir kitus galimus ligos požymius. Specialistai, nustatydami diagnozę, remiasi savo patirtimi ir klasifikavimo kriterijais, kurie iš pradžių buvo sukurti mokslinių tyrimų tikslais.
Tarptautinė mokslininkų bendruomenė nustatė sisteminės vilkligės diagnozavimo kriterijus. Pasiūlytos dvi pagrindinės klasifikacijos (žr. 2 priedą).
Amerikos reumatologų kolegijos (ACR), kurioje yra 11 kriterijų.
Jei yra bent 4 iš šių 11 kriterijų, pacientas galimai serga sistemine vilklige.
2000 m. ACR/EULAR kriterijai, pagal kuriuos, jei pacientas atitinka atrankos kriterijus ir surenka 10 arba daugiau balų, gali būti klasifikuojamas kaip sergantis sistemine vilklige.
Vilkligė diagnozuojama derinant visus klinikinius, biocheminius ir kitus galimus ligos požymius.
Kartais diagnozės nustatymas gali trukti kelis mėnesius.