Dažniausiai virškinimo sutrikimai nesusiję su vilklige. Šios ligos metu virškinamasis traktas pažeidžiamas retai. Virškinimo sutrikimai paprastai būna susiję su vaistų, pavyzdžiui, priešuždegiminių vaistų, sintetinių antimaliarinių vaistų ar imunosupresantų vartojimu. Gali pasireikšti rėmuo, pykinimas, pilvo skausmas, nevirškinimo jausmas ar net viduriavimas. Kai kurie simptomai yra laikini, ypač susiję su sintetinių antimaliarinių vaistų vartojimu, kurie po kelių gydymo savaičių savaime išnyksta. Kartais, esant padidėjusiam rūgštingumui ir įtariant skrandžio gleivinės uždegimą arba opą, reikia atlikti skrandžio ir dvylikapirštės žarnos fibroskopiją. Stresas, nerimas, rūkymas ir alkoholis taip pat yra dažnos virškinamojo trakto sutrikimų priežastys. Išimtiniais atvejais gali pasireikšti virškinimo trakto kraujagyslių uždegimas arba trombozė. Tuomet pacientai apibūdina tai kaip "spazmus" pilve virškinimo metu. Tai gali būti ir funkcinė kolopatija ("dirgliosios žarnos sindromas"), kuri taip pat stebima bendroje populiacijoje.