Sì, diverse malattie autoimmuni possono essere associate al lupus sistemico. Un terreno genetico comune è probabilmente la causa di queste associazioni.

Tuttavia, se la sindrome di Sjögren, che si esprime principalmente con secchezza della bocca e/o degli occhi, può essere associata al lupus in circa il 20% dei casi, è spesso meno grave e meno invalidante della sindrome di Sjögren isolata (detta anche primitiva). Analogamente, la presenza di anticorpi antifosfolipidi è un segno comune del lupus stesso. Quando questi anticorpi causano la formazione di coaguli di sangue (trombosi), si parla di sindrome da anticorpi antifosfolipidi, ma si tratta di un'espressione clinica specifica della malattia. Per quanto riguarda il fenomeno di Raynaud, si tratta di uno dei segni frequentemente osservati nel lupus sistemico.

Più raramente, il lupus sistemico può essere associato a un'altra malattia autoimmune che si esprime clinicamente come artrite reumatoide, sclerodermia o miopatia infiammatoria. Si tratta della cosiddetta sindrome overlap (lupus sistemico + un'altra malattia del tessuto connettivo).