SÌ, diverse malattie autoimmuni possono essere associate al lupus. Un terreno genetico comune è probabilmente all'origine di queste associazioni. La sindrome di Sjögren (una malattia autoimmune che si esprime principalmente con secchezza delle fauci e/o degli occhi) può essere associata al lupus, in circa il 20% dei casi.

Anche la sindrome da anticorpi antifosfolipidi, caratterizzata dalla formazione di coaguli di sangue (trombosi) nelle arterie o nelle vene e da particolari anticorpi, è spesso associata al lupus.

Altre malattie autoimmuni sistemiche, come le miopatie infiammatorie o la sclerodermia, possono essere associate al lupus: si tratta della cosiddetta malattia mista del connettivo.

Infine, il lupus può essere associato a malattie autoimmuni "localizzate", come la tiroidite o la miastenia gravis.