Magneettikuvaus käyttää protonien magneettienergiaa monien elinten, kuten aivojen, selkärangan, nivelten ja pehmytkudosten, tutkimiseen erittäin tarkasti. Se on erittäin hyödyllinen silloin, kun tarvitaan hyvin hienojakoista analyysia ja kun jotkin vauriot eivät näy tavanomaisissa röntgen-, ultraääni- tai tietokonetomografiakuvissa. Se mahdollistaa poikkileikkauskuvien ottamisen eri tasoilla ja analysoidun rakenteen rekonstruoimisen kolmiulotteisesti.