SÍ, varias enfermedades autoinmunes pueden asociarse al lupus. Un terreno genético común está probablemente en el origen de estas asociaciones. El síndrome de Sjögren (una enfermedad autoinmune que se manifiesta principalmente por la sequedad de la boca y/o de los ojos) puede estar asociada al lupus, en un 20% de los casos.

El síndrome de anticuerpos antifosfolipídico, caracterizado por la formación de coágulos sanguíneos (trombosis) en las arterias o las venas, y unos anticuerpos concretos, está a menudo asociado también al lupus.

Otras enfermedades autoinmunes sistémicas, como las miopatías inflamatorias o la esclerodermia, pueden estar asociadas al lupus: es lo que se denomina síndrome de solapamiento.

Por último, el lupus puede estar asociado a enfermedades autoinmunes "localizadas", como la tiroiditis o la miastenia gravis.