U 20-40 % dospělých pacientů s lupusem a 30-80 % dětí dochází k poškození ledvin. To je častější u Asiatů a pacientů afrického původu než u bělochů.

Výsledek biopsie ledvin určí závažnost tohoto postižení ledvin a do značné míry určí léčbu potřebnou k jeho zvládnutí. Těžké formy lupusové nefritidy (tzv. proliferativní) odůvodňují léčbu kombinující kortikosteroidy v zpočátku vysokých dávkách (prednison: 0,5 až 1 mg/kg/den) a imunosupresivní léčbu (mykofenolát mofetil nebo cyklofosfamid) navíc s hydroxychlorochinem, který sníží zánět ledvin.

Tato léčebná strategie téměř vždy umožňuje zlepšit poškození ledvin při lupusu, často je dokonce vyléčit nebo alespoň stabilizovat. Přínos je většinou patrný v dlouhodobém horizontu. Z tohoto důvodu je důležité pokračovat v imunosupresivní léčbě po dlouhou dobu (nejméně 2 roky). Někdy je nutné po několika měsících provést kontrolní biopsii ledviny, aby se ověřila účinnost léčby. Pokud máte vysoký krevní tlak nebo pokud významná proteinurie přetrvává i bez hypertenze, bude Vám předepsán lék, který snižuje krevní tlak a tlak v ledvinových filtrech, aby se snížil únik bílkovin do moči a chránily se ledviny (to se nazývá "nefroprotekce").

Stále existuje riziko recidivy, které vyžaduje pravidelné sledování a pokračování v užívání hydroxychlorochinu, i když byla imunosupresivní léčba ukončena.

Vzácně se může poškození ledvin navzdory všem těmto léčebným postupům dále zhoršovat a postupně vést k nutnosti transplantace ledvin nebo dialýzy (tento stav se nazývá "konečné stadium" selhání ledvin, což znamená, že ledviny již vůbec neplní svou očistnou funkci).