Magnetická rezonance využívá magnetickou energii protonů k velmi přesnému studiu mnoha orgánů, jako je mozek, páteř, klouby a měkké tkáně. Je velmi užitečná v případech, kdy je nutná velmi jemná analýza a kdy některé léze nejsou viditelné na standardních rentgenových snímcích, ultrazvuku nebo CT. Umožňuje získat průřezové snímky v různých rovinách a rekonstruovat analyzovanou strukturu ve třech rozměrech.