Tedavi edilmediğinde lupus, alevlenme ve uyku dönemleri ile seyreder. Ne yazık ki, uygun şekilde tedavi edilmediğinde sadece hastalıktan etkilenen organlarda, özellikle böbreklerde (böbrek yetmezliği) ve beyinde geri dönüşü olmayan hasara yol açmakla kalmaz, aynı zamanda hastanın hayatını da tehlikeye atabilir.

Tedavi altında lupus genellikle "remisyona" yani uyku dönemine geçebilir: klinik belirtilerin kaybolması ve anti-DNA düzeylerinin negatifleşmesidir. Bununla birlikte, lupus tamamen kontrol altına alınsa bile antinükleer antikorlar genellikle ömür boyu pozitif kalır. Amaç, hastalığın uyku dönemini en az ilaçla sağlamaktır.

Bu durum genellikle, remisyon yani uyku dönemi sağlandıktan sonra bile birkaç yıl boyunca sentetik antimalaryal ilaçların (hidroksiklorokin veya klorokin gibi) kullanılmasını gerektirir.

Kortizon ve bazen bağışıklık baskılayıcı ilaçlar da uzun süreli olarak reçete/devam edilir.

Tedavi önerildiği şekilde, erken kesilmeden düzenli olarak uygulandığında, hastalık alevlenmesi riski azalır ve alevlenmeler daha seyrek görülür. Alevlenmelerin erken dönemde ve yeterli yoğunlukta tedavi edilmesi, kalıcı hasarların (sekellerin) büyük ölçüde önlenmesini sağlar ve günümüzde artık çok nadir olan ölümcül sonuçların önüne geçilebilir.