Yetişkin lupus hastalarının yaklaşık -40'ında ve çocukların -80'inde böbrek hasarı gelişir. Bu durum Asyalılarda ve Afrika kökenli hastalarda diğer ırklara göre daha yaygındır.

Böbrek biyopsisinin sonucu bu böbreklerin ne kadar etkilendiğini tanımlayacak ve gereken tedaviyi belirleyecektir. Lupusun böbrekleri ciddi şekilde tuttuğu durumlarda (proliferatif tip denir), başlangıçta yüksek dozlarda kortizon (prednizon: 0,5 ila 1 mg / kg / gün) ve böbreğin iltihaplanmasını azaltacak hidroksiklorokine ek olarak bağışıklık sistemini baskılayan ilaçlar (mikofenolat mofetil veya siklofosfamid gibi) eklenir.

Bu tedavi çoğu zaman lupus böbrek hasarını iyileştirmeyi, hatta çoğu zaman tedavi etmeyi veya en azından ilerlemesini durdurmayı mümkün kılar. Tedavinin faydaları uzun zaman devam eder. Bu nedenle bağışıklık baskılayıcı tedavinin uzun süre (en az 2 yıl) devam ettirilmesi önemlidir. Bazen tedavinin etkili olup olmadığını kontrol etmek için birkaç ay sonra kontrol böbrek biyopsisi yapmak gerekebilir. Yüksek tansiyonunuz varsa ya da tansiyon normal olsa bile idrarda yüksek miktarda protein kaçağı devam ediyorsa, böbrekleri korumak amacıyla tansiyonu ve böbreğin süzme birimlerindeki basıncı düşüren ilaçlar verilir. Bu tedavi, idrara protein kaçağını azaltmayı ve böbreği korumayı hedefler; buna ‘‘nefroproteksiyon’’ (buna "böbrek koruma") denir.

Bağışıklık baskılayıcı tedavi kesilmiş olsa bile, düzenli izleme ve hidroksiklorokin kullanımına devam edilmesi gerekir, çünkü hastalık tekrar edebilir.

Nadiren, tüm bu tedavilere rağmen, böbrek hasarı kötüleşmeye devam edebilir ve böbrek nakli veya diyaliz ihtiyacına yol açabilir (buna, böbreklerin artık arındırma işlevlerini hiç yerine getiremediğini söylemek için "son dönem" böbrek yetmezliği denir).