Da, mai multe boli autoimune pot fi asociate cu lupusul sistemic. Un teren genetic comun este probabil cauza acestor asocieri.

Cu toate acestea, dacă sindromul Sjögren, care se exprimă în principal prin uscăciunea gurii și/sau a ochilor, poate fi asociat cu lupusul în aproximativ 20% din cazuri, acesta este adesea mai puțin sever și mai puțin invalidant decât sindromul Sjögren izolat (numit și primar). În mod similar, prezența anticorpilor antifosfolipidici este un semn frecvent al lupusului propriu-zis. Atunci când acești anticorpi determină formarea de cheaguri de sânge (tromboză), se vorbește de sindromul antifosfolipidic, dar acesta este o expresie clinică specifică a bolii. În ceea ce privește fenomenul Raynaud, acesta este unul dintre semnele frecvent observate în lupusului sistemic.

Mai rar, lupusul sistemic poate fi asociat cu o altă boală autoimună cu expresie clinică, cum ar fi artrita reumatoidă, sclerodermia sau miopatia inflamatorie. Această asociere se numește sindrom de overlap, mai exact de suprapunere (lupus sistemic + o altă boală de țesut conjunctiv).