DA, mai multe boli autoimune pot fi asociate cu lupusul. La originea acestor asocieri, se află, probabil, un teren genetic comun. Sindromul Sjögren (o boală autoimună care se exprimă în principal prin uscăciunea gurii și/sau a ochilor) poate fi asociat cu lupusul, în aproximativ 20% din cazuri.

Sindromul antifosfolipidic, care se caracterizează prin formarea de cheaguri de sânge (tromboză) în artere sau vene și prin prezența unor anumiți anticorpi este adesea asociat cu lupusul.

Alte boli autoimune sistemice, cum ar fi miopatiile inflamatorii sau sclerodermia, pot fi asociate cu lupusul; în această situație boala se numește boală mixtă de țesutul conjunctiv.

În cele din urmă, lupusul poate fi asociat cu boli autoimune limitate la un organ, de exemplu tiroidita Hashimoto sau miastenia gravis.