Ja, flere autoimmune sykdommer kan være assosiert med systemisk lupus. Et felles genetisk grunnlag er sannsynligvis årsaken til disse assosiasjonene.

Likevel om Sjögrens syndrom, som hovedsakelig kommer til uttrykk ved munn- og/eller øyetørrhet, kan være assosiert med lupus i ca. 20 % av tilfellene, er det ofte mindre alvorlig og mindre invalidiserende enn isolert Sjögrens syndrom (også kalt primær). På samme måte er tilstedeværelsen av antifosfolipidantistoffer et vanlig tegn på selve lupus. Når disse antistoffene forårsaker dannelse av blodpropp (trombose), omtales det som antifosfolipidsyndrom, men det er et spesifikt klinisk uttrykk for sykdommen. Når det gjelder Raynauds fenomen, er det et av tegnene som ofte observeres under systemisk lupus.

Mer sjelden, kan systemisk lupus være assosiert med en annen autoimmun sykdom med klinisk uttrykk som revmatoid artritt, sklerodermi eller inflammatorisk myopati. Dette kalles overlappingssyndrom (systemisk lupus + en annen bindevevssykdom).