JA, flere autoimmune sykdommer kan være assosiert med lupus. Sannsynligvis er det et felles genetisk grunnlag som ligger til grunn for disse assosiasjonene. Sjögrens syndrom (en autoimmun sykdom som hovedsakelig gir seg utslag i munn- og/eller øyetørrhet) kan være assosiert med lupus, i ca. 20 % av tilfellene.

Antifosfolipid antistoffsyndrom, som kjennetegnes av dannelse av blodpropp (trombose) i arterier eller vener, og spesielle antistoffer, er også ofte forbundet med lupus.

Andre systemiske autoimmune sykdommer, som inflammatoriske myopatier eller sklerodermi, kan være assosiert med lupus: dette kalles blandet bindevevssykdom.

Lupus kan også være assosiert med "lokaliserte" autoimmune sykdommer, inkludert tyreoiditt eller myasthenia gravis.