Inkstai pažeidžiami apie 20-40 proc. vilklige sergančių suaugusiųjų ir apie 30-80 proc. vilklige sergančių vaikų. Azijos ir Afrikos gyventojams tai pasitaiko dažniau nei baltaodžiams. Inkstų pažeidimo lygis nustatomas atliekant inksto histologinį ištyrimą (biopsijos atsakymas), pagal kurį sprendžiama kokią gydymo taktiką pasirinkti.

Esant sunkiam inkstų pažeidimui (difuzinis proliferacinis lupus nefritas) skiriamas kombinuotas gydymas derinant gliukokortikosteroidus (pvz.:prednizolonas 0.5-1 mg/kg parai, vėliau dozė mažinama) ir kitą imunosupresinį gydymą (pvz.: mikofenolato mofetilį arba ciklofosfamidą) kartu su hidroksichlorochinu.

Daugumai pacientų šis gydymas duoda teigiamą efektą, inkstų funkcija atsistato arba stabilizuojasi. Tačiau gydymo efektas pasireiškia ne iš karto, praeina laiko kol vaistai pradeda veikti. Dėl šios priežasties svarbu ilgai (bent 2 metus) tęsti imunosupresinį gydymą. Kartais po kelių mėnesių būtina atlikti kontrolinę inkstų biopsiją, kad būtų patikrintas gydymo veiksmingumas. Esant padidėjusiam arteriniam kraujo spaudimui arba esant ryškiai proteinurijai (be kraujospūdžio padidėjimo) gali būti skirti kraujo spaudimą mažinantys vaistai, kurie mažindami spaudimą inkstų glomeruluose sumažina proteinurijos lygį, taip saugo inkstus (nefroprotekcija).

Dėl galimo ligos atkryčio rekomenduojama reguliariai išsitirti, o nutraukus imunosupresinį gydymą tęsti hidroksichlorochiną.

Retais atvejais, nepaisant taikomo gydymo, inkstų pažeidimas gali ir toliau progresuoti (iki galutinio inkstų funkcijos nepakankamumo, kuomet inkstai neatlieka šalinimo funkcijos), tokiais atvejais pacientams gali reikėti pakaitinės inkstų terapijos (hemodializių) arba inkstų transplantacijos.