I rischi sono legati alla dose accumulata nell'organismo e alla natura del prodotto utilizzato. Inoltre, a seconda dell'individuo, c’è una maggiore o minore tolleranza. Alcune persone tollerano bene dosi elevate, mentre altre hanno effetti collaterali, anche a basse dosi. Esistono modi per prevenire, o almeno diminuire, l'intensità di questi inconvenienti, chiamati effetti collaterali o effetti avversi. I principali effetti collaterali sono i seguenti: :

Gonfiore del viso, aumento di peso, soprattutto all'inizio del trattamento e per dosi elevate: si raccomanda di evitare l'aggiunta di sale, di limitare gli zuccheri (sia quelli ad assorbimento rapido sia lento, come quelli presenti negli alimenti ricchi di carboidrati: pasta, pane, riso, patate, semolino...), di non mangiare tra i pasti e di non aumentare la quantità di cibo. A fronte di una dieta bilanciata, il gonfiore scompare gradualmente con il diminuire delle dosi di cortisone.

Pressione arteriosa alta: si raccomanda di controllare regolarmente la pressione arteriosa, soprattutto in caso di interessamento renale.

Aumento del rischio di infezione: si raccomanda di essere aggiornati con le vaccinazioni e di evitare il contatto con soggetti malati durante i periodi di infezione acuta.

Nei pazienti provenienti da aree tropicali o che hanno trascorso molto tempo in queste regioni, l'inizio del trattamento con cortisone può "risvegliare" i parassiti presenti nell'organismo, come ad esempio l'anguillulosi. Si può prevenire questo problema assumendo un trattamento antiparassitario prima di iniziare quello con cortisone.

Rischio di diabete:controllare regolarmente i livelli di glicemici (=di glucosio) nel sangue, soprattutto all'inizio del trattamento.

Rischio a lungo termine di fragilità ossea (osteoporosi): Si raccomanda di assumere regolarmente calcio, vitamina D e talvolta farmaci che favoriscono la ricostruzione ossea, come i bifosfonati (soprattutto dopo la menopausa), nonché di praticare regolarmente attività fisica.

Fragilità vascolare cutanea con possibilità di comparsa di "lividi" durante gli urti e smagliature.

Osteonecrosi avascolareossia riduzione della circolazione sanguigna nelle ossa lunghe, che può essere dovuta al lupus stesso, agli anticorpi antifosfolipidi e/o ai corticosteroidi.

Atrofia di alcuni muscoli:si raccomanda di praticare regolarmente attività fisica o sportiva.

Aumento del rischio cardiovascolare e di aterosclerosi, in particolare per dosi elevate/moderate di corticosteroidi (superiori a 5-7,5 mg/kg).

Rischio di cataratta: rischio di cataratta e di glaucoma (aumento della pressione oculare): si raccomanda di sottoporsi ogni anno a un controllo oculistico che comprenda la misurazione della pressione intraoculare. Questi rischi sono maggiori quando il cortisone viene somministrato per un periodo molto lungo.

Contrariamente a quanto si crede, i corticosteroidi non hanno un effetto dannoso sullo stomaco (a differenza dei farmaci antinfiammatori non steroidei e dell'aspirina in dosi elevate), tuttavia, è possibile aggiungere un protettore gastrico quando i corticosteroidi vengono assunti in combinazione con l’aspirina, anche a piccole dosi. A livello intestinale, i corticosteroidi possono favorire la superinfezione della sigmoidite diverticolare. Infine, va notato che l'interruzione brusca del trattamento con corticosteroidi comporta un rischio di insufficienza surrenalica, soprattutto se questo trattamento è stato assunto per lungo tempo.