In caso di lupus, le vaccinazioni sono spesso raccomandate, ma con alcune precauzioni.

La vaccinazione dovrebbe essere evitata il più possibile durante una fase di riacutizzazione della malattia, ma se necessario è possibile.

In caso di terapia corticosteroidea a lungo termine, superiore a 10 mg al giorno di prednisone, e soprattutto in caso di terapia immunosoppressiva, i vaccini vivi attenuati sono controindicati a causa del rischio di una forte reazione al vaccino (il vaccino contro la febbre gialla, la varicella zoster, la rosolia, il morbillo e la parotite). I vaccini orali contro la poliomielite e il BCG, anch'essi vaccini vivi, non sono mai raccomandati in età adulta.

L'assunzione di corticosteroidi e soprattutto di immunosoppressori può diminuire l'efficacia dei vaccini,ma non ne controindica l'uso (tranne nel caso di vaccini a virus vivi attenuati).

Alcuni vaccini sono fortemente raccomandati, soprattutto in presenza di un trattamento immunosoppressivo prescritto per lungo tempo: vaccinazione contro la COVID-19, vaccinazione antinfluenzale, vaccinazione contro lo pneumococco.

Poiché le infezioni da papillomavirus sono più comuni nei pazienti affetti da lupus, ai ragazzi e alle ragazze con lupus può essere offerta la vaccinazione contro l'HPV, idealmente prima dei primi rapporti sessuali.

Si è parlato molto del rischio di insorgenza o di insorgenza del lupus o di altre malattie autoimmuni dopo la vaccinazione con il vaccino contro l'epatite B. Gli studi epidemiologici non hanno confermato l'esistenza di un legame certo. Se per motivi professionali o per il rischio di esposizione è necessario vaccinarsi contro l'epatite B, è possibile farlo. Tuttavia, a volte sono necessarie più iniezioni per garantire una copertura vaccinale sufficiente.